Из-за чего я вижу ошибку 500 на моем сайте?

Скорее всего у вас имеются ошибки в синтаксисе файла .htaccess.

Если возникла ошибка при обращении к скрипту написанному на Perl, то этому может быть несколько причин:

1. Неверные права у файла скрипта, должны быть 755
2. Файл скрипта содержит windows переносы строк
3. Неверно указан путь к perl
4. Ошибка в самом скрипте

Скрипты, написанные на языке Perl, в операционных системах Unix должны иметь правильный перенос строки. В операционной системе Windows в конце каждой строки ставится символ переноса строки и символ возврата каретки. В системах Unix используется только символ переноса строки. В результате скрипты, написанные под системой Windows и закаченные по FTP не в ASCII режиме, не работают.
Самый простой способ решить данную проблему - это перезакачать все Perl-скрипты в ASCII режиме. В этом режиме FTP клиент автоматически заменит все Windows-окончания строка на Unix-окончания.

Если описанный выше способ не помогает, то можно убрать перенос строк выполнив следующую команду через SSH:

perl -i -npe 's/\r//' myscript.pl

где myscript.pl имя вашего скрипта